o principal diferença entre o exoma e o transcriptoma é que o exoma é a sequência completa de todos os exons em genes que codificam proteínas no genoma, enquanto o transcriptoma é a coleção de moléculas de RNA mensageiro derivadas de genes que codificam proteínas. Além disso, o exoma cobre 1-2% da sequência total do genoma, enquanto o transcriptoma representa menos de 4% do RNA total da célula.

O exoma e o transcriptoma são duas coleções de sequências em genes que codificam proteínas no genoma. Ambos têm várias aplicações em estudos genômicos, bem como no diagnóstico de doenças.

Principais áreas cobertas

1. O que é Exome - Definição, fatos, técnicas 2. O que é transcriptoma - Definição, fatos, técnicas 3. Quais são as semelhanças entre o exoma e o transcriptoma - Esboço de características comuns 4. Qual é a diferença entre exoma e transcriptoma - Comparação das principais diferenças

Termos chave

Exon, exoma, mRNA, genes codificadores de proteínas, transcriptoma

O que é Exome

O exoma é a coleção de exons nos genes que codificam proteínas do genoma de um organismo específico. A sequência de codificação do genoma é agrupada em genes, que podem ser codificados para proteínas ou RNA. No genoma procariótico, a sequência codificadora não é interrompida por outras sequências, enquanto no genoma eucariótico, a sequência codificadora do gene é interrompida por sequências não codificantes chamadas íntrons. Conseqüentemente, as sequências de codificação agrupadas são chamadas de exons.

Figura 1: Exons e íntrons

Em genes que codificam proteínas, a RNA polimerase transcreve íntrons e exons no mRNA precursor durante a transcrição. Os íntrons incorporados são removidos durante as seguintes modificações pós-transcricionais. A principal tecnologia utilizada no estudo do exoma é o sequenciamento do exoma completo (WES). O WES está envolvido na hibridização do DNA fragmentado de um genoma específico, a fim de identificar as sequências de DNA alvo, seguido de sequenciamento.

O que é transcriptoma

O transcriptoma é o conjunto total de mRNAs expressos em uma célula. É responsável por menos de 4% do RNA total da célula. Como o transcriptoma especifica a composição do proteoma, ele determina a capacidade bioquímica dessa célula particular. Além disso, o transcriptoma de uma célula específica não pode ser sintetizado e sempre chega à célula filha da célula-mãe durante a divisão celular. Assim, a transcrição, que é o processo de produção do RNA, é a etapa de manutenção do transcriptoma.

Figura 2: Transcriptoma de célula pluripotente

Por outro lado, embora cada célula contenha informações para a produção de todo o transcriptoma da espécie, os genes que se expressam na célula também dependem de fatores ambientais. As duas principais tecnologias utilizadas no estudo dos transcriptomas são microarray e RNA-seq.

Semelhanças entre exoma e transcriptoma

Diferença entre exoma e transcriptoma

Definição

Exoma se refere à parte do genoma que consiste em exons, que codificam informações para a síntese de proteínas, enquanto o transcriptoma se refere à soma total de todas as moléculas de RNA mensageiro expressas nos genes de um organismo. A principal diferença entre exoma e transcriptoma é, portanto, autoexplicativa a partir desta definição.

Significado

Portanto, o exoma é o conjunto total de exons nos genes que codificam proteínas, enquanto o transcriptoma é o conjunto total de mRNAs expressos na célula.

DNA ou RNA

Além disso, o exoma é composto de DNA, enquanto o transcriptoma é composto de RNA.

Quantia

O exoma representa 1-2% do genoma total, enquanto o transcriptoma representa menos de 4% do RNA total da célula.

Nível

Outra diferença entre o exoma e o transcriptoma é que o exoma está no nível genômico, enquanto o transcriptoma está no nível de transcrição.

Técnicas

Além disso, o sequenciamento completo do exoma é a técnica para determinar o exoma, enquanto o microarray e o RNA-seq determinam o transcriptoma.

Conclusão

O exoma é o conjunto completo de exons no genoma determinado pela WES do genoma. Portanto, o exoma é um conceito baseado no DNA. Mas, o transcriptoma é um conceito baseado em RNA, uma vez que é o conjunto completo de mRNAs da célula. A principal diferença entre exoma e transcriptoma é seu conceito.

Referência:

1. Warr, Amanda et al. “Exome Sequencing: Current and Future Perspectives.” G3: Genes | Genomes | Genetics 5.8 (2015): 1543–1550. PMC. Rede. 6 de setembro de 2018. Disponível aqui2. Brown TA. Genomas. 2ª edição. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Capítulo 3, Transcriptomes and Proteomes. Disponivel aqui

Cortesia de imagem:

1. “íntrons de exons de DNA” Por National Human Genome Research Institute - (Domínio Público) via Commons Wikimedia 2. “O transcriptoma de células pluripotentes” Por Grskovic, M. e Ramalho-Santos, M., O transcriptoma pluripotente (10 de outubro, 2008), StemBook, ed. The Stem Cell Research Community, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. - [1] DirectStemBook Figura 2 O transcriptoma de células pluripotentes. Grskovic, M. e Ramalho-Santos, M., The pluripotent transcriptome (10 de outubro de 2008), StemBook, ed. The Stem Cell Research Community, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia