o principal diferença entre RNA Seq e microarray é que o O RNA Seq (Sequenciamento de RNA) permite a análise de novas variantes de RNA e RNA, enquanto o microarray permite a análise do transcriptoma com o uso de sondas de RNA conhecidas. Além disso, o RNA Seq é uma técnica baseada em sequenciamento, enquanto o microarray é baseado em hibridização.

RNA Seq e microarray são duas técnicas usadas para analisar o transcriptoma, que é o mRNA total expresso de um organismo. Eles permitem determinar os tipos de moléculas de RNA formadas em um estágio celular definido.

Análise de expressão gênica, hibridização, microarray, RNA Seq, sequenciamento

O que é RNA Seq

RNA Seq (Sequenciamento de RNA) é uma técnica que determina a sequência de moléculas de RNA em uma amostra. O RNA Seq envolve o sequenciamento shotgun de alto rendimento de moléculas de cDNA. O cDNA é obtido a partir da transcrição reversa das moléculas de RNA. A sequenciação de próxima geração envolve a determinação da sequência do cDNA. O RNA Seq permite a determinação da sequência do RNA e sua abundância relativa.

Figura 1: Processo de RNA Seq

O RNA Seq é uma técnica altamente confiável com uma ampla faixa de sensibilidade. Portanto, ele pode detectar sequências de RNA raras e pouco abundantes. A característica única do RNA Seq é sua capacidade de identificar novas sequências de RNA e as variantes de splicing.

O que é Microarray

Microarray é uma técnica amplamente utilizada para analisar a expressão gênica de um determinado organismo. Ele usa sondas definidas que são hibridizadas com as moléculas de RNA da amostra. As sondas de fita simples são fixadas a uma superfície sólida conhecida como um chip com o qual a amostra de RNA marcada com fluorescência é hibridizada. Os dados de sequenciamento do genoma podem ser usados ​​para projetar sondas.

Figura 2: Processo de microarray

Para um experimento rápido e fácil, o microarray é a melhor técnica na análise de expressão gênica. Porém, as sondas devem ser projetadas de forma a detectar também as variantes de emenda.

Semelhanças entre RNA Seq e Microarray

Diferença entre RNA Seq e Microarray

Definição

O RNA Seq se refere a uma técnica baseada em sequenciamento que detecta as sequências de RNA em uma amostra, enquanto o microarray se refere a uma técnica baseada em hibridização usada para detectar a presença de sequências específicas de RNA em uma amostra.

Baseado em

RNA Seq é uma técnica baseada em sequenciamento, enquanto microarray é uma técnica baseada em hibridização feita com sondas existentes.

Identificando novas sequências

O RNA Seq pode identificar novas sequências de RNA presentes em uma amostra, enquanto o microarray pode apenas identificar sequências conhecidas.

Sensibilidade

A sensibilidade do RNA Seq é alta, enquanto a sensibilidade do microarray é comparativamente baixa.

Precisão

A precisão dos dados de RNA Seq é alta, enquanto a precisão dos dados de microarray é comparativamente baixa.

Detecção SNP

O RNA Seq pode identificar SNP, exceto SNPs de novo para RNAs de baixa abundância, enquanto o microarray não consegue detectar SNPs.

Custo

O RNA Seq é caro ($ 300- $ 1000 / amostra) devido à extensa análise bioinformática exigida pelo método, enquanto o microarray é mais barato ($ 100-200 / amostra).

Conclusão

O RNA Seq é uma técnica baseada em sequenciamento usada para determinar as sequências de RNA presentes no transcriptoma, enquanto o microarray usa sondas específicas para detectar a presença de sequências específicas no transcriptoma. O microarray não consegue detectar nenhuma nova sequência de RNA, bem como sequências de RNA menos abundantes. Mas, no RNA Seq, todas as sequências de RNA dentro da amostra podem ser identificadas. Portanto, a principal diferença entre RNA Seq e microarray é o tipo de detecção.

Referência:

1. Kukurba, Kimberly R. e Stephen B. Montgomery. “Sequenciamento e Análise de RNA”. Protocolos de Cold Spring Harbor 2015.11 (2015): 951–969. PMC. Rede. 3 de julho de 2018, disponível aqui2. Govindarajan, Rajeshwar et al. “Microarray e suas aplicações”. Journal of Pharmacy & Bioallied Sciences 4.Supl 2 (2012): S310 – S312. PMC. Rede. 3 de julho de 2018, disponível aqui

Cortesia de imagem:

1. “Resumo de RNA-Seq” Por Thomas Shafee - Trabalho próprio (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia2. “Resumo de RNA Microarray” Por Thomas Shafee - Trabalho próprio (CC BY 4.0) via Commons Wikimedia