Principal diferença - BLAST vs FASTA

BLAST e FASTA são dois programas de pesquisa de similaridade que identificam sequências de DNA homólogas e proteínas com base no excesso de similaridade de sequência. O excesso de semelhança entre duas sequências de DNA ou aminoácidos surge devido à homologia de ancestralidade comum. A pesquisa de similaridade mais eficaz é a comparação da sequência de aminoácidos das proteínas, em vez das sequências de DNA. Tanto o BLAST quanto o FASTA usam uma estratégia de pontuação para comparar duas sequências e fornecer estimativas estatísticas altamente precisas sobre as semelhanças entre as sequências. o principal diferença entre BLAST e FASTA é que O BLAST está principalmente envolvido na descoberta de alinhamentos de sequência localmente ideais e sem lacunas enquanto que O FASTA está envolvido na descoberta de semelhanças entre sequências menos semelhantes.

Principais áreas cobertas

1. O que é BLAST - Definição, Programas, Usos2. O que é FASTA - Definição, Programas, Usos3. Quais são as semelhanças entre BLAST e FASTA - Recursos comuns4. Qual é a diferença entre BLAST e FASTA - Comparação das principais diferenças

Termos-chave: BLAST, FASTA, DNA, Nucleotídeo, Proteína, Aminoácido, Homologia, Similaridade, Valor de Expectativa

O que é BLAST

BLAST significa Ferramenta Básica de Pesquisa de Alinhamento Local. Isso procura semelhança entre uma sequência de consulta e as sequências depositadas no site do National Center for Biotechnology Information (NCBI). Os genes putativos na sequência de consulta podem ser detectados com base na homologia de sequência das sequências depositadas. O BLAST é popular como uma ferramenta de bioinformática devido à sua capacidade de identificar rapidamente regiões de similaridade local entre duas sequências. O BLAST calcula um valor de expectativa, que estima o número de correspondências entre duas sequências. Ele usa o alinhamento local de sequências. A interface da web do NCBI BLAST pode ser encontrada aqui.

Figura 1: Interface da Web do NCBI BLAST

Pesquisas BLAST diferentes

Programa BLAST	Consulta e banco de dados
BLASTN (nucleotídeo BLAST)	Consulta - Nucleotídeo, Banco de Dados - Nucleotídeo
BLASTP (proteína BLAST)	Consulta - Proteína, Banco de Dados - Proteína
BLASTX	Consulta - nucleotídeo traduzido, banco de dados - proteína
TBLASTN	Consulta - Proteína, Banco de Dados - Nucleotídeo traduzido
TBLASTX	Consulta - nucleotídeo traduzido, banco de dados - nucleotídeo traduzido

O que é FASTA

FASTA é outra ferramenta de alinhamento de sequências que é usada para pesquisar semelhanças entre sequências de DNA e proteínas. A sequência de consulta é dividida em padrões de sequência ou palavras conhecidas como k-tuplas e as sequências de destino são pesquisadas por essas k-tuplas para encontrar as semelhanças entre as duas. FASTA é uma excelente ferramenta para pesquisas por similaridade. Ao encontrar semelhanças de sequência, a melhor maneira de conduzir sua pesquisa é primeiro realizar uma pesquisa BLAST e, em seguida, ir para FASTA. O formato de arquivo FASTA é amplamente usado como método de entrada em outras ferramentas de alinhamento de sequência, como o BLAST. A interface web do FASTA, disponível no European Bioinformatics Institute (EBI), pode ser encontrada aqui.

Figura 2: Interface da Web FASTA

Programas FASTA

Programa FASTA	Descrição
FASTA	Comparação de sequência de proteína - proteína ou comparação de sequência de nucleotídeo - nucleotídeo
FASTX, FASTY	Comparação de sequência de nucleotídeo - proteína.
SSEARCH	Alinhamento local entre proteína - proteína ou nucleotídeo - sequência de nucleotídeos
GGSEARCH	Alinhamento global entre proteína - proteína ou nucleotídeo - sequência de nucleotídeos
GLSEARCH	Alinhamento global da consulta e alinhamento local das sequências no banco de dados.

Semelhanças entre BLAST e FASTA

Diferença entre BLAST e FASTA

Definição

EXPLOSÃO: BLAST é um algoritmo para comparar informações de sequência biológica primária, como sequências de nucleotídeos ou de aminoácidos.

FASTA: FASTA é um pacote de software de alinhamento de sequências de DNA e proteínas.

Apoia

EXPLOSÃO: BLAST significa Basic Local Alignment Search Tool.

FASTA: FASTA significa “fast-all” ou “FastA”.

Alinhamento Global / Local

EXPLOSÃO: O BLAST usa alinhamento de sequência local.

FASTA: O FASTA usa o alinhamento de sequência local primeiro e, em seguida, estende a pesquisa de similaridade para o alinhamento global.

Alinhamento de sequência local

EXPLOSÃO: O BLAST procura semelhanças no alinhamento local comparando resíduos individuais nas duas sequências.

FASTA: O FASTA pesquisa semelhanças em alinhamentos locais comparando padrões de sequência ou palavras.

Tipo de Pesquisa

EXPLOSÃO: O BLAST é melhor para a busca por similaridade em sequências próximas ou localmente ótimas.

FASTA: FASTA é melhor para pesquisa de similaridade em sequências menos semelhantes.

Tipo de trabalho

EXPLOSÃO: O BLAST funciona melhor para pesquisas de proteínas.

FASTA: O FASTA funciona melhor para pesquisas de nucleotídeos.

Lacunas na sequência de consultas

EXPLOSÃO: No BLAST, intervalos entre as sequências de consulta e de destino não são permitidos.

FASTA: No FASTA, as lacunas são permitidas.

Sensibilidade

EXPLOSÃO: BLAST é uma ferramenta de bioinformática sensível.

FASTA: FASTA é mais sensível que BLAST.

Velocidade

EXPLOSÃO: O BLAST é mais rápido do que o FASTA.

FASTA: FASTA é menos rápido quando comparado ao BLAST.

Desenvolvedores

EXPLOSÃO: O BLAST foi projetado por Stephen Altschul, Webb Miller, Warren Gish, Eugene Myers e David J. Lipman no Instituto Nacional de Saúde em 1990.

FASTA: O FASTA foi desenvolvido por David J. Lipman e William R. Pearson em 1985.

Significado

EXPLOSÃO: Atualmente, o BLAST é a ferramenta de bioinformática mais amplamente usada para pesquisas de similaridade.

FASTA: O legado do FASTA é o formato FASTA, que agora é onipresente na bioinformática.

Conclusão

BLAST e FASTA são duas ferramentas de alinhamento de sequências em pares usadas em bioinformática para pesquisar semelhanças entre sequências de DNA ou proteínas. BLAST é a ferramenta mais amplamente usada para o alinhamento local de sequências de nucleotídeos e aminoácidos. FASTA é uma ferramenta de busca de similaridade que usa padrões de sequência ou palavras. É mais adequado para pesquisas por similaridade entre sequências menos semelhantes. A principal diferença entre BLAST e FASTA está nas estratégias de busca por similaridade utilizadas em cada ferramenta.

Referência:

1. Madden, Thomas. “A Ferramenta de Análise de Sequência BLAST.” Manual do NCBI [Internet]. 2ª edição. National Library of Medicine, 15 de março de 2013. Web. Disponível aqui. 09 de junho de 2017. 2. “Alinhamento de sequência em pares usando FASTA.” Universidade Amrita Vishwa Vidyapeetham. N.p., n.d. Rede. Disponivel aqui. 09 de junho de 2017.

Cortesia de imagem:

1. Site Oficial da BLAST2. Site Oficial da FASTA